北极星集群使用

  • filezilla文件传输方法

    通过堡垒机网页打开filezilla软件,稳定传输数据访问https://10.100.1.88,网站登录时先输入静态密码,跳转页面后再输入动态密码;点击可访问设备,选择一个登陆节点,点击下面的filezilla图标;软件会自动打开,注意本机已安装filezilla软件,并且filezilla软件中不要勾选记住密码。

    2023-05-20 admin 831

  • V100-gpu_2l和gpu_4l分区计算会爆炸

    https://github.com/google-deepmind/alphafold3/issues/59

    2024-11-25 admin 0

  • alphafold3--cif 格式获取

    一、获取名字二、下载:https://www.rcsb.org/ligand/SKU

    2024-11-22 admin 0

  • 一、登陆北极星集群图形界面

    北极星高性能计算平台图形界面登录地址为:https://10.100.1.89/,账号以及初始静态密码请联系管理员申请。首次登陆请使用账号以及初始静态密码。登录后根据提示手机下载freeotp或者authenticator软件扫描二维码,手机出现账号以及6位动态密码。如下图点击完成绑定。两步认证密码,请输入手机上的6位动态码并点击提交。设置静态密码,如下图,需要注意设置静态密码即可,不需要再输入6

    2023-05-05 admin 196

  • 一、在北极星集群运行alphafold2和结构展示

    在北极星集群运行alphafold2:一、创建并进入lustre3文件夹(lustre1/2/4 gpfs1/2/3,运行比较慢)mkdir /lustre3/groupname/yourname二、单GPU执行:四卡GPU:alphafold-g4c your.fasta 双卡GPU:alphafold-g2c your.fasta --------------------------

    2023-05-02 admin 1967

  • alphafold3--cif格式汇总

    CIF文件的基本结构和内容CIF文件由以下几个部分组成:‌文件头部‌:包含文件的来源、版本、日期、作者、引用等元数据,以及一些全局的设置和定义。‌数据块‌:包含了一个或多个晶体结构的具体数据,每个数据块以“data_”开头,后面跟着一个唯一的标识符。数据块中的数据可以分为标签和值,标签是以“_”开头的预定义或自定义的关键字,值是与标签对应的具体数据,可以是数字、字符串、表达式等。数据块中还可以包含

    2024-11-22 admin 0

  • 一、singularity快速使用入门-北极星

    Singularity 是一个开放源码容器平台,旨在简化、快速和安全。Singularity 是针对 EPC 和 HPC 工作负载进行优化的,允许不受信任的用户以可信的方式运行不受信任的容器,就是可以在容器里面享受root权限一、singularity容器技术在北极星集群的快速使用这里以autodock4为例(尽量在login06会快些)1、查询镜像,推荐使用docker比较全,singulari

    2024-03-21 admin 418

  • 二、在图形界面中使用终端启动Rstudio,并定义自己的R路径和自己的编译环境

    1、如下图打开终端2、在终端里输入或者设置R的路径:1)R路径[fangt@login25 ~]# source /appsnew/source/R-4.2.3.sh或者输入 export R_HOME=/appsnew/usr/R/R-4.2.3/lib64/Rexport PATH=$R_HOME/bin:$PATH2)gcc路径,这里我们使用gcc8.0[fangt@login25 ~]#

    2023-05-25 admin 132

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