alphafold3蛋白和小分子相互作用（三）8R2K json模板 只有cif格式的结构（2024年11月的结构）
2024-11-22 01:11:02
admin
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1、查看获取小分子信息
.png "图片关键词")
直接打开 https://www.rcsb.org/ligand/XPI
下载sdf格式
wget https://files.rcsb.org/ligands/download/XPI_ideal.sdf
obabel -isdf XPI_ideal.sdf -osmi -O 8r2k.smi
[chenfj@login26 testnew01]$ cat 8r2k.smi
C1=C(C(=O)O[C@H]1c1c(OC)cc(OC)c(OC)c1)Nc1ccc(cc1)S(=O)(=O)N XPI
打开https://www.rcsb.org/fasta/entry/8R2K/display fasta文件
生成json格式，其中ZN和GOL等基础分子（离子），为默认的ccd格式，是有的，不需要提供smiles格式：
{
"name": "8R2K",
"modelSeeds": [1, 22, 333, 4444, 66666],
"sequences": [
{"protein": {
"id": "A",
"sequence": "MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK"
}
},
{"ligand": {
"id": "B",
"smiles": "C1=C(C(=O)O[C@H]1c1c(OC)cc(OC)c(OC)c1)Nc1ccc(cc1)S(=O)(=O)N"
}
},
{"ligand": {
"id": "C",
"ccdCodes": ["ZN"]
}
}
{"ligand": {
"id": "D",
"ccdCodes": ["GOL"]
}
}
],
"dialect": "alphafold3",
"version": 1
}
结果偏移了许多，蛋白质rmsd为 2.568，红色圈飘了许多
